Vilkaviškio miesto savivaldybė 1934 m. pradėjo naujos mokyklos statybą Vilkaviškio miesto dalyje – Naujamiestyje, mokyklai skirtame sklype.

1935 – 1936 m. m. į naujas, tuo metu modernias patalpas, buvo perkelti 9 komplektai, kuriuose mokėsi 433 mokiniai. Dirbo 9 mokytojai.
1936-1944 m. pradinė mokykla. 1936 – 1937 m.m. buvo atidarytas šeštas skyrius – 10-tas komplektas, mokėsi 510 mokinių. Dirbo 10 mokytojų. 1938 – 1939 m.m. spalio mėnesį šios mokyklos 2 klasių komplektai su mokytojais ir 110 mokinių buvo perkelti į kitas naujai pastatytas patalpas Maironio gatvėje.

1936 m. rugsėjo 1d. iškilmingai atidaryta ir pašventinta pirmoji Vilkaviškyje 6 komplektų pradinė mokykla

1944-1946 karo ligoninė

1944 m. žiemą mokykloje įsikūrė karo ligoninė. Karas paliko pastatą gerokai nusiaubtą, todėl vidurinė iš buvusios „Žiburio” gimnazijos patalpų čia galėjo persikelti tik 1946 m.

1946-1969 m. S. Nėries vidurinė mokykla

1969 m. Vilkaviškyje pastačius naują mokyklą ir į ją perkėlus S. Nėries vidurinę mokyklą, ši mokykla tampa aštuonmete.

1969-1986 aštuonmetė mokykla

1986 m. pavadinta nepilna vidurine mokykla

1986-1989 nepilna vidurinė mokykla

1989 m. pavadinta devynmete mokykla

1989-1999 devynmetė mokykla

1999 m. pavadinta pagrindine mokykla

2002 m. Pūstapėdžių pradinė mokykla tapo Vilkaviškio pagrindinės mokyklos skyriumi

2008 m. uždarytas Pūstapėdžių skyrius.

Vilkaviškio pagrindinei mokyklai vadovavę direktoriai:

A. Čėsna,

A. Banionis,

J. Dapkūnas,

J. Paukštys,

J. Bielevičius,

O.Vaitkevičienė,

P. Šulskaitė,

P. Romanenkienė,

V. Štarolis,

L. Kumpys,

M. Lisauskas,

V. Buzaitis,

A. Serneckas,

Dabartinė mokyklos direktorė – Gileta Naujokienė (nuo 2018 m. gegužės 3 d.)